Le reproche souvent entendu à propos de l'E.O.F. - et d'autres Eglises occidentales - concerne sa non-reconnaissance par les Eglises d'Orient. Elle serait due à son manque de canonicité...On peut considérer qu'il existe deux « types » de canonicités :

La question juridique - « L'Église universelle est une communion d'Eglises locales. Chacune étant intérieurement identique à toutes les autres. [...] Les Eglises locales sont donc reliées les unes aux autres, non comme des parties subordonnées à un tout plus grand mais sur le principe d'identité ». C'est là, en effet, que se situe la problématique : l'Eglise Orthodoxe Française n'étant pas reconnue par une Eglise orientale, sa position canonique reste délicate et controversée. Mais, encore une fois, il faut rappeler, et dire avec force, que l'E.O.F. aspire profondément à être reliée à la communion de l'Église orthodoxe occidentale. Comme on l'a vu plus haut, des démarches en ce sens sont entreprises et l'appel est à nouveau lancé...

A ce propos, citons le Père Justin Popovitch : « A l'horizon se dessine la naissance de nouvelles Eglises locales qu'aucune « super-Eglise » de type papal ne peut priver de leur liberté dans le Seigneur (canon 8, 3eme saint Concile oecuménique), car ce serait une attaque contre l'essence même de l'Eglise.» et, plus important encore, cette parole du Christ : « A ceci tous reconnaîtront que vous êtes mes disciples : si vous avez de l'amour les uns pour les autres. » Jean XIII, 35.